Bu kapsamda ERP’ler ile native entegre çalışan e-Fatura uygulamalarının önemli avantajları söz konusu. ERP'ler ile native entegrasyon yapılması halinde ERP programından çıkış yapmaksızın, e-Faturanın tüm fonksiyonları ERP içinden kullanılabilmektedir. Böylelikle kullanıcının e-Fatura kullanımı için ERP dışında farklı bir uygulamaya geçiş yapmasına gerek kalmamaktadır.
Tüm bu özellikler kullanıcıya, özellikle zamanın yüksek verimlilikte kullanımı açısından büyük avantaj sağlamaktadır. Bunun yanında, kullanıcının e-Fatura işlemlerini her zaman kullandığı, alışık olduğu ekran üzerinden yapmasını sağlar. Bu sayede kullanıcı, ilgili fatura ile alakalı işlemleri hızlı ve kolay bir şeklide gerçekleştirebilir.